Ядром системы исследований и разработок в Академии является российская школа системомыследеятельностной методологии (основатель СМД-методологии - Г.П.Щедровицкий), с которой начинались исследовательские работы, осуществленные группой учеников Г.П.Щедровицкого в начале 90-ых годов (см. проект «Сеть методологических лабораторий» и соответствующие публикации). Исследования и разработки сотрудников Академии в рамках данной школы опубликованы в соответствующих журналах – «Вопросы методологии», «Кентавр», на сайте www.circle.ru. Методологическая школа не зафиксирована в перечне научных направлений ВАК, ее последователи защищают диссертации по философии, психологии, педагогике, культурологии и другим дисциплинам, лишь частично отражающим смысл и содержание этого подхода. Тем не менее, именно эта школа привела к созданию инновационного образовательного учреждения и внедрению в практику образования принципов технологизации мышления.

Помимо этого, в Академии присутствуют и традиционные научные школы, отраженные в структуре подготовки в аспирантуре. В аспирантуре осуществляется подготовка научных кадров по следующим специальностям:

	управление в социально-экономических системах (05.13.10) – научную школу по этому направлению возглавляют доктор технических наук Волков А.Е., кандидат психологических наук Богданов И.В., кандидат архитектуры Зинченко А.П.;
	финансы, кредит и денежное обращение (08.00.10) – научную школу по этому направлению возглавляют доктор экономических наук Османкин Н.Н., кандидат экономических наук Хан Н.В., кандидат технических наук Климов А.А.;
	история и теория культуры (24.00.01) – научную школу по этому направлению возглавляет доктор культурологии Никитин В.А..

За период с 2000-го года сотрудниками и аспирантами Академии была защищена 1 докторская диссертация (Волков А.Е. – по специальности 05.13.10) и 9 кандидатских диссертаций (Кузнецов А.А. и Щитова В.И. - по специальности 24.00.01; Климов А.А. и Дворкин А.С. – по специальности 05.13.10; Степаненко А.В. – по специальности 08.00.10; а также по другим специальностям: Прокофьева Е.Ю. – по истории, Лысова С.В. – по географии, Грабой Т.А – по педагогике и Гурова Т.В. – по юриспруденции).

Кроме того, целый ряд работ сотрудников находится на этапах предзащиты и выхода на защиту, что указывает на наличие преемственности и целенаправленной работы в области подготовки научных кадров по выделенным научным направлениям.

В ноябре 2004 года на заседании Ученого совета в докладе ректора Академии И.В.Богданова обозначены следующие стратегические задачи Академии, решение которых требует выполнения ряда исследовательских и проектно-аналитических работ:

	воспроизводство и трансляция принципов и стратегии Академии;
	участие в федеральных и региональных программах и проектах;
	участие в международных исследовательских проектах и программах;
	технологизация профессионального образования (общие дисциплины);
	технологизация профессионального образования по направлениям профессиональной подготовки (061100 «Менеджмент организации», 060400 «Финансы и кредит», 052400 «Дизайн», 351400 «Прикладная информатика»);
	технологизация непрерывного образования;
	технологизация управления учебным процессом.

На решение этих задач сориентирована новая программа научно-исследовательских и проектно-аналитических работ Академии на 2005-2008 гг., утвержденная решением Ученого совета.